新SOTA，仅几个标记基因即可自动标记，复旦大学开发空间转录组学语义注释贝叶斯框架

复旦大学的科研团队推出了一款名为 Pianno 的创新工具，用于自动化空间转录组学的结构语义注释。Pianno 是一个基于贝叶斯框架的系统，能有效注释各种空间语义，包括解剖结构和复杂的肿瘤微环境，并能估计跨平台的细胞类型分布。通过对人类新皮质深层区域的分析，Pianno 揭示了区域和物种特异性的兴奋性神经元亚型，展现了细胞进化的洞察。

Pianno 的工作流程包括初始分割和细化两个步骤，使用预定义的标记基因来自动识别模式。它通过概率框架和贝叶斯分类器优化注释过程，减少了对已知标记基因数量的需求。在评估中，Pianno 显示出优于现有聚类和去卷积方法的性能，特别是在细胞类型的空间分布重建上。

尽管 Pianno 的效果依赖于初始标记和组织分子知识，但未来的研究有望通过整合额外信息，如细胞大小和密度，减少对标记的依赖，提高其稳健性和发现未知生物学模式的能力。Pianno 的潜力在于其自动化和优化标记选择的能力，这将减少对先验知识的依赖，提升其在空间转录组学研究中的应用价值。

本文来源： 机器之心【阅读原文】